CEFAS26-11 Cadre pour les services de séquençage de nouvelle génération

Cefas cherche à établir un cadre pour la fourniture de services de séquençage de nouvelle génération (NGS), pour une variété de méthodes d'analyse NGS, afin de soutenir la réalisation de nombreux et variés programmes de recherche utilisant la génomique. Le cadre est divisé en 4 lots et les fournisseurs peuvent soumissionner pour n'importe quel nombre de lots. Cefas a l'intention d'attribuer jusqu'à 5 contrats pour chaque lot, sur la base de la satisfaction des fournisseurs aux critères d'évaluation technique et de prix requis. Cefas passera ensuite des commandes dans le cadre du cadre pour les besoins de projets individuels, tels que définis dans le document complet de spécification des exigences du dossier de soumission. Si un fournisseur se voit attribuer plusieurs lots, un contrat sera attribué pour couvrir les lots pertinents. La mise en œuvre du contrat devrait débuter en août 2026 pour une période de 3 ans, avec la possibilité de prolonger pour 2 périodes supplémentaires de 12 mois chacune. Les prix seront fixes pour la période initiale de 3 ans du contrat. Les prix pourront ensuite être augmentés sur une base annuelle si le contrat est prolongé, conformément à l'IPC. Les détails complets de l'appel d'offres et des processus du cadre sont exposés dans les documents du dossier de soumission. VEUILLEZ NOTER : Tous les fournisseurs soumissionnant pour un nombre quelconque de lots doivent remplir l'enveloppe du questionnaire spécifique à la passation des marchés. Lot 1 - Séquençage ciblé Les fournisseurs fourniront des analyses de séquençage ciblées, telles que : • Séquençage d'amplicons et métabarcodage, utilisant principalement les marqueurs 16S, 18S, COI et ITS, mais d'autres amorces personnalisées peuvent également être requises de manière ad hoc. • Enrichissement de bibliothèques, telles que les techniques de capture d'appâts/capture de sondes hybrides. Lot 2 - Génome entier Les fournisseurs fourniront des services de séquençage de génome entier, métagénomique et transcriptomique, dans des applications telles que : • Séquençage de génome entier/métagénomique pour la diversité microbienne, l'analyse du microbiome, l'identification des espèces, la détection de pathogènes, l'assemblage du génome, le dépistage AMR, la génétique des populations. • Séquençage transcriptomique/cellule unique/transcriptomique spatial pour les interactions hôte-pathogène, l'annotation/classification fonctionnelle, les voies métaboliques, l'expression génique. Lot 3 - Séquençage à longue lecture Les fournisseurs fourniront une analyse de séquençage à longue lecture, en utilisant soit les technologies PacBio, soit Oxford Nanopore. Cela peut concerner plusieurs applications différentes, principalement des études sur : • Diversité microbienne, analyse du microbiome, identification des espèces, détection de pathogènes • Assemblage de génome entier, dépistage AMR, génétique des populations • Spécifique Nanopore - Séquençage de méthylation, épigénétique Lot 4 - Exigences ad hoc Les fournisseurs répondront aux demandes ad hoc, c'est-à-dire celles qui ne correspondent pas aux catégories de lots précédentes. Cela serait très probablement utilisé lorsqu'une technologie ou une analyse unique/propriétaire est requise, telle que RAD-Seq, que Cefas ne peut pas réaliser en interne. Les spécificités seraient détaillées dans la demande de projet individuelle via le processus d'appel d'offres, qui sera un processus de mini-concurrence tel que défini dans l'Annexe 4.