CEFAS26-11 Seuraavan sukupolven sekvensointipalveluiden puitesopimus

Cefas pyrkii perustamaan puitesopimuksen seuraavan sukupolven sekvensointipalveluiden (NGS) tarjoamiseksi, erilaisiin NGS-analyysimenetelmiin, tukemaan lukuisia ja monipuolisia genomiikkaa hyödyntäviä tutkimusohjelmia. Puitteet on jaettu 4 osaan, ja toimittajat voivat tarjota mitä tahansa osien määrää. Cefas aikoo myöntää enintään 5 sopimusta kutakin osaa kohden, perustuen toimittajien vaadittujen teknisten ja hinnoittelukriteerien täyttymiseen. Cefas tekee sitten tilauksia puitesopimuksen perusteella yksittäisten projektien vaatimuksiin, kuten täydellisessä vaatimusmäärittelyssä toimittajapaketissa. Jos toimittajalle myönnetään useita osia, myönnetään yksi sopimus kattamaan asiaankuuluvat osat. Sopimuksen toteutuksen odotetaan alkavan elokuussa 2026 kolmeksi vuodeksi, ja sitä voidaan jatkaa kahdella 12 kuukauden lisäkaudella. Hinnat ovat kiinteät sopimuksen alkuperäisen 3 vuoden ajaksi. Hintoja voidaan sitten nostaa vuosittain, jos sopimusta jatketaan, kuluttajahintaindeksin (CPI) mukaisesti. Tarjouksen ja puitesopimusprosessien täydelliset tiedot esitetään toimittajapaketin asiakirjoissa. HUOMIO: Kaikkien toimittajien, jotka tarjoavat mitä tahansa osien määrää, on täytettävä hankintakohtainen kyselylomake. Osa 1 - Kohdennettu sekvensointi Toimittajat toimittavat kohdennettuja sekvensointianalyysejä, kuten: • Amplikonisekvensointi ja metabarkoodaus, käyttäen pääasiassa 16S-, 18S-, COI- ja ITS-merkkiaineita, mutta myös muita mukautettuja alukkeita voidaan tarvita ad hoc. • Kirjaston rikastaminen, kuten syöttikoe/hybridikoetin-tekniikat. Osa 2 - Koko genomiikka Toimittajat toimittavat koko genomin, metagenomisen ja transkriptomisen sekvensoinnin sovelluksissa, kuten: • Koko genomin/metagenomisen sekvensointi mikrobien monimuotoisuudelle, mikrobiomin analyysille, lajien tunnistamiselle, patogeenien havaitsemiselle, genomin kokoamiselle, AMR-seulonnalle, populaatiogenetiikalle. • Transkriptominen/yksittäisen solun/spatiaalinen transkriptominen sekvensointi isäntä-patogeeni-vuorovaikutuksille, funktionaaliselle annotoinnille/luokittelulle, aineenvaihduntareiteille, geenien ilmentymiselle. Osa 3 - Pitkän luennan sekvensointi Toimittajat tarjoavat pitkän luennan sekvensointianalyysiä käyttäen joko PacBio- tai Oxford Nanopore -teknologioita. Tämä voi koskea useita eri sovelluksia, pääasiassa tutkimuksia: • Mikrobien monimuotoisuus, mikrobiomin analyysi, lajien tunnistaminen, patogeenien havaitseminen • Koko genomin kokoaminen, AMR-seulonta, populaatiogenetiikka • Nanopore-spesifinen - Metylaation sekvensointi, epigenetiikka Osa 4 - Ad hoc -vaatimukset Toimittajat suorittavat ad hoc -pyyntöjä, eli niitä, jotka eivät sovi edellisiin osaluokkiin. Tätä käytettäisiin todennäköisimmin, kun tarvitaan ainutlaatuista/omisteista teknologiaa tai analyysiä, kuten RAD-Seq, jota Cefas ei voi suorittaa itse. Yksityiskohdat esitetään yksittäisessä projektipyynnössä tilausprosessin kautta, joka on minikilpailuprosessi liitteen 4 mukaisesti.