CEFAS26-11 Ramy dla usług sekwencjonowania nowej generacji

Cefas dąży do ustanowienia ram dla świadczenia usług sekwencjonowania nowej generacji (NGS) dla różnych metod analizy NGS, w celu wsparcia realizacji licznych i zróżnicowanych programów badawczych wykorzystujących genomikę. Ramka jest podzielona na 4 części, a Dostawcy mogą składać oferty na dowolną liczbę części. Cefas zamierza przyznać do 5 umów dla każdej części, w oparciu o spełnienie przez Dostawców wymaganych kryteriów oceny technicznej i cenowej. Cefas będzie następnie zamawiać z ramki indywidualne wymagania projektowe, zgodnie ze Specyfikacją Wymagań zawartą w Pakiecie dla Oferentów. Jeśli Dostawcy zostanie przyznanych wiele części, zostanie przyznana jedna umowa obejmująca odpowiednie części. Realizacja umowy ma rozpocząć się w sierpniu 2026 r. na okres 3 lat z możliwością przedłużenia o kolejne 2 okresy po 12 miesięcy każdy. Ceny będą stałe przez początkowy 3-letni okres umowy. Ceny mogą następnie być podnoszone corocznie, jeśli umowa zostanie przedłużona, zgodnie z CPI. Pełne szczegóły przetargu i procesów ramowych są zawarte w dokumentach Pakietu dla Oferentów. UWAGA: Wszyscy Dostawcy składający oferty na dowolną liczbę części muszą wypełnić Kopertę Kwestionariusza Specyficznego dla Zamówień. Część 1 - Sekwencjonowanie ukierunkowane Dostawcy będą świadczyć usługi ukierunkowanego sekwencjonowania, takie jak: • Sekwencjonowanie amplikonów i metabarkodowanie, wykorzystujące głównie markery 16S, 18S, COI i ITS, ale także inne niestandardowe primery mogą być wymagane doraźnie. • Wzbogacanie bibliotek, takie jak techniki wychwytywania przynęt/hybrydowych sond. Część 2 - Cały genom Dostawcy będą świadczyć usługi sekwencjonowania całego genomu, metagenomu i transkryptomu, w zastosowaniach takich jak: • Sekwencjonowanie całego genomu/metagenomu dla różnorodności mikrobiologicznej, analizy mikrobiomu, identyfikacji gatunków, wykrywania patogenów, składania genomu, screeningu AMR, genetyki populacyjnej. • Sekwencjonowanie transkryptomu/pojedynczych komórek/przestrzenne dla interakcji gospodarz-patogen, adnotacji/klasyfikacji funkcjonalnej, szlaków metabolicznych, ekspresji genów. Część 3 - Sekwencjonowanie długich odczytów Dostawcy będą świadczyć usługi analizy sekwencjonowania długich odczytów, przy użyciu technologii PacBio lub Oxford Nanopore. Może to dotyczyć kilku różnych zastosowań, głównie badań nad: • Różnorodnością mikrobiologiczną, analizą mikrobiomu, identyfikacją gatunków, wykrywaniem patogenów • Składaniem całego genomu, screeningiem AMR, genetyką populacyjną • Specyficzne dla Nanopore - sekwencjonowanie metylacji, epigenetyka Część 4 - Wymagania doraźne Dostawcy będą realizować doraźne zapytania, tj. takie, które nie pasują do poprzednich kategorii części. Byłoby to najprawdopodobniej wykorzystywane, gdy wymagana jest unikalna/własnościowa technologia lub analiza, taka jak RAD-Seq, której Cefas nie może przeprowadzić wewnętrznie. Szczegóły będą zawarte w indywidualnym zapytaniu projektowym za pośrednictwem procesu zamawiania, który będzie procesem mini-konkursu, zgodnie z Załącznikiem 4.