Originalus konkurso aprašymas
Cefas siekia sukurti pagrindų sutartį, skirtą kitos kartos sekvenuojimo (NGS) paslaugoms teikti, įvairioms NGS analizės metodams, siekiant paremti daugybės ir įvairių genetiką naudojančių tyrimų programų įgyvendinimą.
Pagrindų sutartis yra padalinta į 4 dalis, o tiekėjai gali teikti pasiūlymus bet kuriai dalių skaičiui. Cefas ketina kiekvienai daliai skirti iki 5 sutarčių, remdamasi tiekėjų atitiktimi reikalaujamiems techniniams ir kainų vertinimo kriterijams. Cefas vėliau pagal pagrindų sutartį vykdys individualius projektų poreikius, kaip nurodyta visoje reikalavimų specifikacijoje, pateiktoje Tiekėjo pakete. Jei tiekėjui bus skirta kelios dalys, bus sudaryta viena sutartis, apimanti atitinkamas dalis.
Sutarties įgyvendinimas numatomas 2026 m. rugpjūčio mėn. trejiems metams, su galimybe pratęsti ją dar dviem 12 mėnesių laikotarpiais.
Sutarties pradinio 3 metų laikotarpio kainos bus fiksuotos. Kainos gali būti didinamos kasmet, jei sutartis bus pratęsta, atsižvelgiant į KPI.
Visos detalės apie konkursą ir pagrindų sutarties procesus yra pateiktos Tiekėjo paketo dokumentuose.
ATkreipkite DĖMESĮ: Visi tiekėjai, teikiantys pasiūlymus bet kuriai dalių skaičiui, turi užpildyti pirkimo specifinį klausimyną.
1 dalis - Tikslinis sekvenavimas
Tiekėjai teiks tikslinio sekvenavimo analizę, pavyzdžiui:
• Amplikonų sekvenavimas ir metabarkodinimas, daugiausia naudojant 16S, 18S, COI ir ITS žymenis, bet taip pat gali prireikti kitų individualių pradininkų ad hoc pagrindu.
• Bibliotekos praturtinimas, pvz., masalo surinkimo/hibridinių zondų surinkimo metodai.
2 dalis - Visas genomas
Tiekėjai teiks viso genomo, metagenominį ir transkriptominį sekvenavimą, taikant tokias programas kaip:
• Viso genomo/metagenominis sekvenavimas mikrobų įvairovei, mikrobiomo analizei, rūšių identifikacijai, patogenų aptikimui, genomo sudarymui, AMR atrankai, populiacijos genetikai.
• Transkriptominis/vienos ląstelės/erdvinis transkriptominis sekvenavimas šeimininko-patogeno sąveikai, funkcinei anotacijai/klasifikacijai, metaboliniams takams, genų ekspresijai.
3 dalis - Ilgų skaitymų sekvenavimas
Tiekėjai teiks ilgų skaitymų sekvenavimo analizę, naudojant PacBio arba Oxford Nanopore Technologies. Tai gali būti įvairioms reikmėms, daugiausia tyrimams:
• Mikrobų įvairovė, mikrobiomo analizė, rūšių identifikacija, patogenų aptikimas
• Viso genomo sudarymas, AMR atranka, populiacijos genetika
• Nanopore specifinis - metilinimo sekvenavimas, epigenetika
4 dalis - Ad hoc reikalavimai
Tiekėjai vykdys ad hoc užklausas, t.y., tokias, kurios nepatenka į ankstesnių dalių kategorijas. Tai greičiausiai būtų naudojama, kai reikalinga unikali/nuosavybės teise saugoma technologija ar analizė, pvz., RAD-Seq, kurios Cefas negali atlikti savo jėgomis.
Specifika bus detaliai aprašyta individualiame projekto prašyme per užsakymo procesą, kuris bus mini-konkurso procesas, kaip nurodyta 4 priede.