CEFAS26-11 Järgmise põlvkonna sekveneerimisteenuste raamleping

Cefas soovib luua raamlepingu järgmise põlvkonna sekveneerimisteenuste (NGS) osutamiseks erinevate NGS-analüüsimeetodite jaoks, et toetada arvukate ja mitmekesiste genoomikat kasutavate uurimisprogrammide elluviimist. Raamleping on jagatud 4 osaks ja tarnijad saavad pakkumisi esitada mis tahes arvule osadele. Cefas kavatseb igale osale määrata kuni 5 lepingut, lähtudes tarnijate vastavusest nõutavatele tehnilistele ja hinnakriteeriumitele. Seejärel Cefas teeb raamlepingu alusel tellimusi üksikute projektide vajaduste rahuldamiseks, nagu on kirjeldatud täielikus nõuete spetsifikatsioonis hankija pakendis. Kui tarnijale määratakse mitu osa, sõlmitakse üks leping vastavate osade katmiseks. Lepingu rakendamine eeldatakse algavat 2026. aasta augustis 3 aastaks, võimalusega pikendada seda veel kaheks 12-kuuliseks perioodiks. Hinnad on fikseeritud lepingu esialgse 3-aastase perioodi jooksul. Hinnad võivad seejärel aastas tõusta, kui lepingut pikendatakse, kooskõlas CPI-ga. Täielikud üksikasjad pakkumismenetluse ja raamlepingu protsesside kohta on esitatud hankija paketi dokumentides. PANNA TÄHELE: Kõik tarnijad, kes esitavad pakkumisi mis tahes arvule osadele, peavad täitma hankespetsiifilise küsimustiku ümbriku. Osa 1 - Sihtotstarbeline sekveneerimine Tarnijad osutavad sihtotstarbelisi sekveneerimisanalüüse, näiteks: • Amplikonide sekveneerimine ja metabarkoodimine, kasutades peamiselt 16S, 18S, COI ja ITS markereid, kuid vajadusel ka muid kohandatud primereid ad hoc alusel. • Raamatukogu rikastamine, näiteks söödapüügi/hübriid-probe püügi tehnikad. Osa 2 - Kogu genoom Tarnijad osutavad kogu genoomi, metagenoomi ja transkriptoomi sekveneerimist rakendustes, nagu: • Kogu genoomi/metagenoomi sekveneerimine mikroobide mitmekesisuse, mikrobioomi analüüsi, liikide identifitseerimise, patogeenide tuvastamise, genoomi koostamise, AMR sõeluuringu, populatsioonigeneetika jaoks. • Transkriptoomi/üksikrakuline/ruumiline transkriptoomi sekveneerimine peremees-patogeen interaktsioonide, funktsionaalse annotatsiooni/klassifitseerimise, metaboolsete radade, geeniekspressiooni jaoks. Osa 3 - Pika lugemise sekveneerimine Tarnijad osutavad pika lugemise sekveneerimisanalüüsi, kasutades PacBio või Oxford Nanopore Technologies. See võib olla erinevate rakenduste jaoks, peamiselt uuringute jaoks: • Mikroobide mitmekesisus, mikrobioomi analüüs, liikide identifitseerimine, patogeenide tuvastamine • Kogu genoomi koostamine, AMR sõeluuring, populatsioonigeneetika • Nanopore-spetsiifiline - metülatsiooni sekveneerimine, epigenetika Osa 4 - Ad hoc nõuded Tarnijad täidavad ad hoc taotlusi, st neid, mis ei kuulu eelmiste osade kategooriatesse. Seda kasutataks kõige tõenäolisemalt, kui on vaja unikaalset/omandiõigusega tehnoloogiat või analüüsi, nagu RAD-Seq, mida Cefas ei saa ise teha. Spetsiifikad oleksid üksikasjalikult kirjeldatud üksikutes projektitaotlustes tellimisprotsessi kaudu, mis on mini-konkursi protsess, nagu on kirjeldatud lisa 4.